En su dimensión como museo de sitio, la planta baja nos adentra en la vida conventual de los frailes que habitaron el edificio en el periodo colonial. El antiguo convento se encuentra asentado sobre lo que antes de la llegada de los españoles fuera el señorío de «Huitzilopochco». Fundado alrededor del siglo XII, formó parte de la confederación de los «cuatro señores» o «Nauhtecutli», una alianza de la que también formaron parte Colhuacan, Ixtapalapa y Mexicalcingo. Tras la fundación de Tenochtitlán, el asentamiento fue incorporado al señorío mexica que, como lugar de paso, entre los lagos y la región de Coyoacán, adquirió una posición estratégica que le permitió establecer importantes relaciones comerciales. El espacio en el que se sitúa hoy el Museo Nacional de las Intervenciones fue antes la «casa de Huitzilopochtli».
Después de la conquista, se erigió un convento franciscano en el cual los habitantes de la región fueron evangelizados, fundando así la iglesia y su residencia clerical, tomando el nombre de San Mateo Huitzilopochco. En 1599 al erigirse la Provincia de San Diego, Churubusco quedo bajo su custodia, provocando que el asentamiento fuera ampliándose y consolidándose como el Convento de Santa María de los Ángeles de Churubusco. A mediados del siglo XIX, los frailes se vieron obligados a desalojar el lugar, pues en junio de 1847 fue declarado presidio, cuartel y fortaleza. Dos meses después, el 20 de agosto de 1847 se daría la batalla que pasaría al Ex-convento a la historia. En 1856, con base en la ley de desamortización de las corporaciones civiles y eclesiásticas establecida por Lerdo de Tejada, el presidente Benito Juárez, procedió a nacionalizar el convento en 1861. Entre 1877 hasta 1904 y 1908, el inmueble fue utilizado como hospital militar para enfermedades contagiosas.
Tras la Revolución, el edificio quedaría abandonado; hasta el 20 de agosto de 1919, gracias a las gestiones de Jorge Enciso, se inauguró como «Museo de Churubusco» al año siguiente. El museo también contaría con la escuela primaria Héroes de Churubusco y a la Escuela de Pintura al Aire Libre a partir de 1924, una institución para jovencitas de clase media y niños de bajos recursos. El 18 de febrero de 1935, el inmueble adquirió el nombre oficial de «Museo Histórico de Churubusco»; en 1950, a partir de distintas donaciones de carruajes y automóviles antiguos, el museo las comenzó a exhibir en su planta baja, espacio que se le conoció como «Museo del Transporte». En 1965 y hasta la década de los ochenta, el museo dio cabida a la Escuela Nacional de Restauración y Museografía del INAH. Así, desde la década de 1970 a 1990 en el Ex- convento se encontraban: el Museo, la Escuela, la Dirección de Restauración del Patrimonio Cultural y la Dirección de Monumentos Históricos, conocido como Complejo Churubusco. Luego de permanecer cerrado durante casi cinco años, con el impulso de Don Gastón García Cantú (entonces director general del INAH) el 13 de septiembre de 1981 se inauguró el Museo Nacional de las Intervenciones, nombre y función social, cultural e histórica que el Ex- Convento de Churubusco mantiene hasta el día de hoy.
Tania Arroyo, investigadora