El edificio que hoy aloja a este Museo es un recinto de gran importancia histórica, ya que se libró en él la Batalla de Churubusco en aquel 20 de agosto de 1847, durante la cual los invasores estadounidenses derrotaron al General Pedro María Anaya, a los batallones de voluntarios de la Ciudad de México y a los valientes islandeses del Batallón de San Patricio, quiénes adoptaron la causa de México en aquella guerra tan desigual. Tras la derrota del ejército mexicano, muchos de los valientes integrantes del batallón de San Patricio, fueron capturados y ejecutados. En homenaje de “Mártires Irlandeses”, una de las calles aledañas al Museo fue bautizada bajo el nombre de “Mártires Irlandeses”.

El edificio cuenta también con una historia previa, habría sido construido para albergar a los frailes que llegaron a la Nueva España. Previamente, la zona era ocupada por el señorío de Huitzilopochco, “lugar de Huitzilopochtli” o “en la casa de Huitzilopochtli”, nombre que a su vez significa “colibrí zurdo”; este pueblo subsistió gracias a los recursos que ofrecía el lago (sal, caza y pesca), así como a la práctica de la agricultura con la técnica de chinampa; dada su ubicación geográfica en la cuenca, ocupó una posición estratégica durante el dominio mexica, sobre todo en términos del intercambio mercantil, ya que articulaba tanto el comercio local dentro de la Cuenca de México, como el intercambio a larga distancia que era realizado por los pochtecas o comerciantes a través del gran mercado que albergaba en Pochtlán, uno de los doce barrios que componían al señorío y que, al parecer, se encontraba en dónde hoy se ubica el ex Convento de Churubusco.

Con la introducción de la iglesia católica, en 1524, se construyó una rústica ermita para recibir a los primeros frailes franciscanos que arribaron a la Nueva España. Posteriormente, por orden del primer obispo, fray Juan de Zumárraga, se construyó, con los restos de los edificios prehispánicos, el primer templo que fungió como estancia, noviciado y colegio para los misioneros destinados a evangelizar a Filipinas y Japón. Tras diversas remodelaciones, en 1592 se fundó el primer convento de San Mateo Apóstol bajo la advocación de Santa María de los Ángeles y en 1679, con donaciones de Don Diego del Castillo, un comerciante de plata, y su esposa doña Elena de la Cruz, se reedificó el convento que en la actualidad podemos contemplar. Entre 1733 y 1797 el edificio fue modificado y ampliado.

Fue hasta 1847, cunado, por órdenes del gobierno mexicano, los frailes fueron desalojados para tomar el edificio como punto de resistencia frente a la invasión norteamericana, donde se llevó a cabo la ya referida batalla de Churubusco. Al retirarse del país las tropas invasoras, a mediados de 1848, los frailes y sus habitantes cercanos se dedicaron a reparar el edificio. Ante la aplicación de las leyes de reforma, en 1861, los frailes dieguinos se enclaustraron en el convento de Churubusco.

El presidente Benito Juárez lo declaró monumento nacional en 1869. Sin embargo, en 1876 se instaló allí un hospital militar de enfermos contagiosos, permaneciendo abierto hasta 1914. Entre octubre de 1916 y febrero de 1917 el edificio fue el cuartel militar de las tropas constitucionalistas de Guaymas, Sonora. El presidente Venustiano Carranza inauguró el 20 de agosto de 1919 el Museo Histórico de Churubusco, siendo enriquecido por las colecciones y piezas que donó la Escuela Nacional de Bellas Artes y la capilla de La Piedad; así mismo funcionó como espacio educativo, donde estuvo la Escuela Primaria “Héroes de Churubusco” y, posteriormente, la Escuela de Pintura al Aire Libre, en funciones de 1924 a 1928. El 9 de febrero de 1933 Narciso Bassols, secretario de educación pública, lo declaró Monumento Histórico. En 1965 se instaló el Museo del Transporte, el Departamento de Restauración del Patrimonio Cultural y el Centro Regional Latinoamericano de Estudios para la Conservación y Restauración de Bienes Culturales.

Finalmente, a mediados de 1980, se inició el proyecto para la recreación e instalación en el ex convento del Museo Nacional de las Intervenciones, con el objetivo de reunir, exhibir y divulgar el acervo cultural e histórico relacionado con las intervenciones extranjeras que sufrió México durante los siglos XIX y XX por parte de España, Francia y Estados Unidos. Bajo tal objetivo, sería inaugurado el 13 de septiembre de 1981.

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